Геномная локализация QTL-ассоциированных SNP с общими для казахской белоголовой и аулиекольской пород фенотипическими эффектами

Abstract

В статье представлены результаты полногеномного поиска QTL-ассоциированных SNP c фенотипическими эффектами у казахского белоголового и аулиекольского скота. Было установлено 6 общих для двух пород участков генома (общей протяженностью 192,8 мБ п.н.), 7 породоспецифичных участков для казахской белоголовой (общей протяженностью 19,52 мБ п.н.) и 12 породоспецифичных – для аулиекольской породы (общей протяженностью 15,10 мБ п.н.). Из 479 общепородных QTL-ассоциированных SNP (161 по признаку живой массы при рождении, 224 по признаку живой массы при отъеме, 10 – живая масса в 12 месяцев и 84 - среднесуточный привес) только 44 локализованы в участках генома наибольшего сходства у двух пород и 1 – в участке, породоспецифичном для казахской белоголовой породы. Значительная часть установленных нами QTL-ассоциированных SNP описана также другими авторами, проводившими полногеномный поиск у других пород. При этом исследования в основном проведены на чипе Illumina BovineSNP50 BeadChip с меньшей плотностью покрытия, что отчасти объясняет отсутствие данных по другим, выявленным нами полиморфизмам. Гены-кандидаты, в которых локализованы QTL-ассоциированные SNP, общие для обеих пород, в основном кодируют внутриклеточные белки, транслируемые во всех типах тканей и участвующие в общеорганизменных метаболических и физиологических процессах. Относительно внутригенной локализации, можно отметить, что по большей части общепородные QTL-ассоциированные SNP расположены внутри интронов либо в регуляторных областях генов-кандидатов.